Während bei der digitalen Signatur der Text im Klartext verbleibt, sodass ihn jeder, der auf der Übermittlungsstrecke, etwa bei einem Provider, oder am Empfänger-Computer an die Daten kommt, lesen kann, wird bei der Verschlüsselung mit ähnlichen Methoden der Text selbst verschlüsselt. Dadurch entsteht ein "Zeichensalat", der beim Empfänger durch Entschlüsselung wieder in lesbaren Text umgewandelt wird. Ein bekanntes Verschlüsselungsprogramm ist etwa PGP (Pretty Good Privacy). Verschiedene Zertifizierungsanbieter bieten neben der Signatur zugleich auch eine Verschlüsselung an.