Auch wenn es auf den ersten Blick nicht so aussieht ähnelt dieses Verfahren der Kreditkartenzahlung im Internet. Statt der Kreditkartennummer wird die Kontonummer des Kunden an den Händler übermittelt. Wie bei der Kreditkarte benötigt auch hier der Händler eine Bestätigung des Kunden. Diese Bestätigung kann allerdings auch hier rechtswirksam nur handschriftlich erfolgen, also per Brief oder Postkarte. Hierauf wird vielfach der Einfachheit halber verzichtet.

Seit 1. August 2001 könnte zwar die digitale Signatur die handschriftliche Form ersetzen. Genau wie bei der Kreditkartenbezahlung ist jedoch auch beim Bankeinzug die "qualifizierte" Form der digitalen Signatur nötig, um Rechtswirksamkeit zu erlangen. Von dieser Option kann der Handel mit dem Endverbraucher allerdings erst Gebrauch machen, wenn die technischen Vorraussetzungen auf beiden Seiten geschaffen wurden und außerdem stellt sich die Frage nach der Rentabilität für den Verbraucher.

Die Transaktionen werden ausschließlich geschützt und gesichert durchgeführt. Persönliche Daten, wie z.B. Kontonummer, Name oder Adresse werden verschlüsselt, bevor Sie den PC des Kunden verlassen und mittels Internet übertragen werden, meist mit "Secure Socket Layer" (SSL)-Übertragung mit einer 128-Bit-Verschlüsselung. Die verschlüsselten Angaben können von Dritten nicht eingesehen werden. Die vom Kunden gemachten Angaben persönliche Daten betreffend werden schnellstmöglich auf einen nicht an das Internet angeschlossenen, sicheren Rechner überspielt. Zugriffe über Netzwerk oder Modem sind dann nicht mehr möglich. Bei einer missbräuchlichen Kontoabbuchung durch eine unberechtigte Person hat der Kunde die Möglichkeit, bei der zuständigen Bank Widerspruch einzulegen. Üblicherweise beträgt diese Frist 6 Wochen. Im Fall des Missbrauchs erhält man eine Rückerstattung. Die meisten Banken übernehmen entweder alle Kosten oder begrenzen Ihre Haftung auf eine Eigenbeteiligung von nicht mehr als € 50,00. Zur Vermeidung unerwünschter Bankvorgänge sollte man deshalb regelmäßig seine Kontoauszüge kontrollieren, was eigentlich eine Selbstverständlichkeit darstellen sollte.

Für den Händler besitzt das Bankeinzugsverfahren ebenfalls Vorteile:
Es bietet Sicherheit, da mit dem Versandt der Ware gewartet werden kann, bis das Geld auf dem Konto gutgeschrieben wurde. Insofern könnte es mit der Lieferung gegen Vorkasse verglichen werden.

Eine Gefahr liegt jedoch darin, dass die Händler meist nicht beweisen können, dass der Kunde die Ware auch tatsächlich erhalten hat. Der Einlieferungsbeleg ist lediglich ein Nachweis dafür, dass der Händler die Ware ordnungsgemäß abgeschickt hat. Einen Beweis für den Zugang schafft nur der Rückschein, was allerdings auch wieder mit Kosten verbunden ist. Der Kunde könnte also behaupten, er habe die Ware nie bekommen. Diese Gefahr besteht jedoch auch bei allen anderen Zahlungsarten - mit Ausnahme der Nachnahmesendung.